Yang harus diperhatikan dalam pemilihan bahan baku untuk obat herbal adalah sebagai berikut: aroma, rasa, kandungan zat dalam bahan dan sebagai nya. Ketepatan pemilihan bahan baku untuk obat herbal tidak semata-mata hanya pada jenis tanaman, tetapi juga bagian tanaman yang akan digunakan. Hal ini di sebabkan setiap bagian tanaman memiliki khasiat atau kegunaan yang berbeda.

Bagian dari tanaman dan contohnya; yang biasanya digunakan sebagai obat adalah sebagai berikut:

* Akar: Ginseng, pasak bumi
* Rimpang: Jahe, kencur, kunyit, lengkuas
* Batang: brotowali
* Daun: sirih, daun dewa, daun jambu, katuk
* Buah: Belimbing wuluh, rambutan, jeruk nipis
* Kulit buah: Mahkota dewa
* Air buah: Kelapa Hijau